バプテスト教会は信仰告白にもとづくバプテスマをつうじて成り立っている教会で、教会や個人の信仰の自由と独立を重んじるところに特色があります。
教会では牧師と信徒の間に何の身分的な差異もなく、絶えず民主的な教会運営をめざしています。牧師や役員のみによる教会運営を許さず、信徒全員参加による会員総会に最終議決権を置いています。また、説教などの重要な奉仕を積極的に信徒に奨励するなど、万人祭司主義(信徒主義)を追求してきました。
絶えず「信教の自由」を追求してきた教派であり、「歴史上最初に政教分離を主張したのはバプテスト教会である」とM・ウェーバーは指摘しています。
その起源をめぐっては様々な説がありますが、歴史学的にはピューリタン革命の頃、英国国教会から分離したセパラティストのなかから発生したとされています。バプテストはピューリタン革命に志願兵として参加し、「信仰の自由」を求めて闘いました。
浸礼もバプテストの特色として上げられることがありますが、バプテスト教会が発生したとき彼らは浸礼ではありませんでした。発生から数年後に彼らは「古き人が十字架の死と共に葬られ、復活と共に新しい生命として生かされる」(ロマ書6)にもとづき、浸礼をバプテスマの形式に採用しました。
日本では米国南部バプテスト系の日本バプテスト連盟や、米国北部バプテスト系の日本バプテスト同盟をはじめ、その他にもさまざまなバプテスト諸派があります。