バプテストはパティキュラー・バプテスト(カルヴィニズム)とジェネラル・バプテスト(普遍救済説)とに分かれています。が、現在の日本のバプテスト教会はほとんどがパティキュラー・バプテストの流れをくんでいるので、神学的にはカルヴィニズムといえます。
初期のバプテストはウエストミンスター会議に参加し、長老教会のウエストミンスター信仰告白を一部修正しただけの第二ロンドン告白を信仰告白にしました。教会政治とバプテスマに関する部分以外はウエストミンスター信仰告白とほとんど同じです。
その後、アメリカに渡ったバプテストは、第二ロンドン告白とほとんど同じ内容のフィラデルフィア信仰告白を発表します。その後、アメリカで大成長をとげ、ニュー・ハンプシャー信仰告白を発表します。
ニュー・ハンプシャー信仰告白は簡易信条で、これが日本の現在のバプテスト教会の信仰告白の原形になっています。また、そのころ発表されたニュー・ハンプシャー教会契約が、いまでも日本のほとんどのバプテスト教会の教会契約の原形であり、バプテスト教会では主の晩餐(聖餐)で教会契約を唱えるところが多い。