バプテスト教会の教えのひとつに、政教分離がある。大西晴樹氏よると、バプテストの幼児洗礼拒否は幼児洗礼そのものを拒否したのではなく、国教会による洗礼の拒否。すなわち政教分離を主張するのが主眼だったという。それほどに政教分離は、バプテストにとって重要な主張なのである。
イギリスの国教会から離脱した会衆派はイギリス国教会には反対したが、国教会そのものに反対したわけではない。政教分離を主張して、国教会から離脱したのがバプテストである。M・ウェーバーは世界で最初に政教分離を主張した教派はバプテスト教会だと指摘している。
有名なロジャー・ウィリアムスは、アメリカのロードアイランド州に世界で最初の政教分離を確立させた。合衆国憲法の政教分離の規定は、バプテスト教会が政教分離を求めて戦ってきたことと無関係ではない。日本バプテスト連盟がヤスクニ運動に熱心なのも、バプテストの政教分離の主張からである。