当合唱団の源流は、「明治学院大学グリークラブ」です。グリークラブは名誉指揮者池宮英才氏の指揮により、1963年から1991年までの28年間に渉り､クリスマス･オラトリオを演奏して来ました。その間クリスマス･オラトリオ演奏のパイオニアとして、また日本におけるクリスマスシーズンの宗教音楽の演奏会として名声を博して参りました。
　しかし1992年から諸般の事情で演奏の中断を余儀なくされましたが、1997年6月、J.S.BACHをこよなく愛するグリークラブのOB･OGと、その家族及び関係者によって「クリスマス･オラトリオ」を研究、演奏することを目的に「明治学院クリスマス･オラトリオ合唱団」（現 東京クリスマス・オラトリオ・アカデミー）を結成し､「クリスマス･オラトリオの明治学院」として復活しました。以降毎年12月に「クリスマス・オラトリオ」を演奏し、2006年12月で10回を迎えました。
　2000年12月にはバッハ没後250年を記念して、ブレーメンの音楽隊で有名なドイツ・ブレーメンのSt. Petri Domにおいて、ブレーメン・ドム・コールとジョイントでクリスマス･オラトリオ演奏会を開催、また、2004年3月にはヘンデル「メサイヤ」を、2005年7月にベートーヴェン「ミサ・ソレムニス」を演奏いたしました。2007年7月22日に創立10周年記念としてJ. S. Bach「マグニーフィカト」他を東京芸術大学奏楽堂にて演奏いたします。2008年11月16日にはJ. S. Bach「マタイ受難曲」を演奏の予定です。
　2003年9月に団名を「東京クリスマス・オラトリオ・アカデミー」に改称、大学OB合唱団から脱皮し、広く一般の宗教音楽愛好家の方にもご参加頂くよう体制を改めました。