青(塩屋崎海岸の色)＝常磐線：新松戸駅(2001.5.26)
緑(霞ヶ浦の色)＝常磐線：友部駅(2001.6.24)
黄色(スイセンの色)＝常磐線：新松戸駅(2001.5.26)
オレンジ(紅葉の色)＝常磐線：石岡駅(2001.6.24)
赤・青・黄色・緑の車両は、各色ともに14両(７両編成×２本)ずつある。
老朽化が進んでいた485系「ひたち」の置換えを目的に、1997年10月、
長野新幹線と共に登場した。編成毎に色が異なるのがこの「Ｅ653系」の
最大特徴。1997年に赤・青・黄色・緑の４色で登場した。翌1998年には、
残りの485系を全てこの「Ｅ653系」に置換える事となり、既存の４色の
編成を、それぞれ１本ずつ増備、増結用として４両編成が３本登場し、
こちらは全て、オレンジ色となった。オレンジ色の車両が加わった為、
５色となった。オレンジ色の車両は「フレッシュひたち」を11両編成で
運転する際の増結用の他、波動用でも運転されていたが、現在は485系
Ｋ40・Ｋ60編成に後を継ぎ、最近は４両編成運転はしていないようだ。
東京ディズニーランドへ行く臨時急行「イクスピアリ」(日立〜東京)や
その他の、臨時(団体専用)列車に使用されていた事が、一時期あった。
また、2005年３月のダイヤ改正に向けて、オレンジ色の４両編成が１本
増備され、現在のＥ653系の在籍総両数は72両である（７両編成Ｘ８本=
56両と４両編成×４本=16両。全て、勝田車両センターに配置している)。
オレンジ色は付属(増結用)４両編成にしか存在せず、４本(合計16両)ある。
