総務部は、本会の各部門が円滑に目的を果せるよう支援する部門です。会員が本会に期待する事業内容を汲み上げる役割も担っています。各種会議の開催、各種事業の推進、記念事業の企画と開催、指導者研修会の開催などを行います。

対外的には、上部団体である（社）全日本鍼灸マッサージ師会（全鍼師会）と協調して活動しています。また、中部ブロック会議 （愛知県、岐阜県、静岡県、三重県、長野県） にも積極的に参加しています。

学術部は、目覚しい医学の進歩に対応するため、長野県衛生部との共催による夏期大学医学講座および学術大会、学術講演会、臨床研究会を開催し、会員の資質向上を目的に活動しています。

日本東洋医学系物理療法学会長野県支部と協調し、学会へ積極的に参加するとともに、一般向けの講演にも講師を派遣しています。

会計部は、予算案を組織するとともに、各部の円滑な事業運営に協力し、健全財政の確立を図っています。

事業部は、カイロ、整体、足の裏マッサージ等無資格者対策の推進をはじめとして、施術所の衛生管理の指導、治療院経営の講習会の開催および生涯教育を推進しています。

業権対策委員会と歩調を合わせて、国会議員に働きかけ、私たちが広範囲に活動できるよう運動を展開しています。

広報部は、機関誌「信濃三療」および総会報告書を発行し会の円滑な運営を図るほか、一般向けの広報活動を行っています。

組織部は、青年を自認する会員と女性から構成されます。斬新なイベントを実施し、青年女性の積極的な参加を推進するほか、全国大会に参加し全国の若い業友のエネルギーを持ち帰り会員へ情報を提供することにより、本会の活性化を図っています。

温泉観光部は、県内に広がる温泉地で働く会員から構成されています。研修旅行を開催し、全国各地の温泉地の状況を調査研究するとともに、学術講演会、臨床研究会を開催し資質の向上を図っています。

年々増大する無資格者に対しては、保健所に陳情し、さらに強固な無資格者対策を推進しています。

保険部は、まだ一般に浸透していない各種健康保険による鍼灸マッサージ治療の啓蒙と拡大を推進しています。

会員に対しては、円滑な保険治療が実施できるように講習会を開催することで、保険治療推進を強化するとともに、事前審査会の充実を図っています。

情報サービス部は、一般社会に本会をご理解いただくことはもちろんのこと、東洋医学、特に古くから伝承されてきた鍼、灸、マッサージの啓蒙と普及を目的として、インターネットを通じて広く情報を公開しています。

会員に対しては、パソコンの普及を推進するとともに各種の情報を提供しています。会員からの意見を聞く場として、メールグループ「長野県師会メーリングリスト」の運営と管理をおこない、本会の発展を支えています。

互助部は、互助の精神に則り、会員や家族が病気や自然災害に見舞われたときに、一日も早く立ち直れることを願いつつ、定められた見舞い金を贈っています。

購買部は、会員に対して、良い治療を行うための商品の情報提供と販売を目的として活動しています。

会館運営委員会は、（社）長野県はり灸マッサージ会館の円滑な運営を目的として活動しています。

協調委員会は、長野県視覚障害者福祉協会との協調を図り、可能なかぎり助け合うために、年に１度委員会を開催しています。

業権対策委員会は、事業部と協調した政治関係の窓口です。長野県には、現在県議を含む６人の政治家の方々に顧問になっていただいています。これらの方々が選挙の折りや当選されたときに業団の後ろ盾になっていただけるよう、働きかけています。

（社）全日本鍼灸マッサージ師会（全鍼師会）は、県支会の上部団体に位置づけられます。全鍼師会の姉妹団体として、日本東洋医学系物理療法学会があり、長野県にも学会の支部があります。

県支会では、学術部を中心に学会の活動に積極的に参加するとともに、一般向けの講演に講師を派遣しています。学会の長野県内での開催招致にも積極的に働きかけを行っています。