レベルの異なる複数のWAVEファイルを一定のレベルに揃えるには「Lumpy」というソフトを使います。
これは「SoundEngine」に付随するソフトです。
SoundEngineのV2.96以降には「Lumpy」が含まれないようです。
古いバージョン置き場 / フォーラム / Cycle of 5th
http://www.cycleof5th.com/services/forum/comments.php?DiscussionID=153
ここから「Lumpy」が含まれるv2.945がダウンロードできます。
1.「SoundEdngine」のメニューバーから「ヘルプ(H)」―「Lumpy(L)」で起動します。
「Lumpy」が起動したらまず、メニューバーの「オートマキシマイズ」―「デフォルトのアイテム設定」か2.

「デフォルトのアイテム設定」が起動したら、「出力レベル」で目標のレベルを設定。
「出力フォルダ」で出力先を設定。(元のファイルとは違う場所が良いと思います。)
3.

設定が完了したら、目的のファイルをドラッグアンドドロップで開きます。
全てのファイルを選択して「Avg」とかかれたボタンを押してそれぞれのファイルの平均レベルを取得してみます。
4.

このように平均レベルが異なるのが判ると思います。(この例では故意にレベルを変えたものを使っています。)
5.

「出力レベル(dB)」の欄が「デフォルトのアイテム設定」で設定した目標の平均レベルです。
これはメニューバーの「レベル(L)」か、右クリックからでも設定できます。
「GO」と書かれた「実行」ボタンを押して実行します。
6.

再度、同じファイルを読み込んで平均レベルを取得してみました。
「-12.0」に揃っているのが確認できると思います。