株式購入後、証券会社へ「実質株主届出書」を提出することで、その都度行わなければならなかった「名義書換」手続をせずに「株主」になることができる制度のこと。保管振替制度を利用して株主になった投資家のことを実質株主という。

一度、「実質株主届出書」を提出するだけで、自動的に氏名、住所、株数等が発行会社の実質株主名簿に登録される（名義は「株式会社証券保管振替機構」）。保管振替制度を利用すると、保護預り料（＝口座管理料）も半額となる。

2001年11月26日より、保管振替制度の対象有価証券として、株式に加え、CBの取扱もされている。これに伴い、CBの保管は、原則「株式会社証券保管振替機構」となった。このことによって、受渡しが迅速かつ完全に処理されるようになったり、転換請求の手続き（＝株式の発行）にかかる日数が短縮されたりする。