自覚症状は「疝痛発作」と呼ばれる激痛が特徴的です。冷汗、吐き気を伴うこともありますから、胃腸の病気と勘違いすることもよくあります。あるいは、まったく自覚症状がないとか鈍い痛みだけのこともあり、これを「サイレントストーン（沈黙の石）」と呼びます。

症状の違いは結石の大きさや存在している場所の違いによります。七転八倒の痛みがあるときは、「腎杯頚部」、「腎盂尿管移行部」、「尿管」などの狭いところに結石が詰まって尿の流れを阻害しているからです。痛みは腎臓のある背部から脇腹、下腹郡へと拡がりますが、しばらくして治まります。また、男性では精巣、女性では外陰部にも痛みを感ずることがあります。さらに、尿路の粘膜が結石によって傷ついた場合には血尿が出たり、膀胱にある場合には頻尿や残尿感があります。
結石が「腎盂・腎杯」に留まっている時は痛みは無いか、あっても鈍痛程度です。しかし、ここで結石がサンゴ状結石のように大きくなりすぎ、「水腎症」など腎臓が機能しなくなるなどの合併症を引き起こすことがあります。
また、結石、特に感染結石により尿流の通過障害があると、腎盂腎炎から「敗血症」という怖い病気を誘発しますから速やかに専門医（泌尿器科医）を受診して下さい。

「自排」、つまり、自然に尿道から結石を排出させることです。水分を多量にとり、尿管の蠕動運動を活発にさせることで結石の下降を促します。６〜９mm程度の結石ならおよそ３ヵ月以内に排出される可能性があり、小さい結石の場合に有効な方法です。
ほかに、尿酸結石やシスチン結石の場合には、尿をアルカリ性に変える薬などを投与し、結石を溶かす治療を行ないます。これには数ケ月あるいはそれ以上を要します。

侵襲的療法は結石が１cm以上の大きさで自排が困難、あるいは尿の流れが阻害されて水腎症になる恐れがある時、薬の効かない尿路感染症がある時、激しい痛みがある時に行ないます。
侵襲的治療の主流は、現在では「体外衝撃波結石破砕術（ESWL）」と呼ばれる方法です。これは、体外で発生させた衝撃波を体の中にある結石に集め、そのエネルギーで結石を砕くという画期的な方法です。衝撃波が通過した腎組織が損傷を受け、ほぼ全例で血尿が出ますが、手軽であり、最近では外来でも施行可能な機器も開発されました。細かくなった石は尿道より排出されます。大結石あるいは硬い結石でESWLに抵抗する場合、あるいは解剖学的にESWLが施行しにくい場合には内視鏡的に結石を取り出したり、同じく内視境的に超音波、レーザー、圧搾空気で石を砕く方法も行なわれます。今日では開腹手衝は稀にしか行なわれなくなっています。